Органами управления СКК являются:
| Наименование органа | Описание деятельности |
| Общее собрание членов Союза кооперативов Кыргызстана | является собранием всех членов Союза кооперативов Кыргызстана и является высшим органом управления кооператива, оно вправе решать любые вопросы, касающиеся деятельности кооператива, в том числе утверждать и или отменять решения Совета директоров и Правления СКК. |
| Совет директоров Союза кооперативов Кыргызстана | Совет директоров Союза кооперативов Кыргызстана состоит из семи человек, которые являются членами кооперативов, избираемых общим собранием. Совет Директоров СКК осуществляет контроль за деятельностью Правления Союза кооперативов Кыргызстана. |
| Ревизионная комиссия Союза кооперативов Кыргызстана | Ревизионная комиссия Союза кооперативов Кыргызстана осуществляет контроль за финансово-экономической деятельностью и отчетностью СКК. |
| Правление Союза кооперативов Кыргызстана | Правление является представителем Союза кооперативов Кыргызстана и руководит текущей деятельностью СКК, отвечает за выполнение задач. |
Оргструктура Союза Кооперативов Кыргызстана
